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123456789# Seq objectfrom Bio.Seq import Seqmy_seq = Seq("AGTACACTGGT")print(my_seq)print(my_seq.complement())print(my_seq.reverse_complement())# important class # SeqRecord; Bio.SeqIO AGTACACTGGT TCATGTGACCA ACCAGTGTACT sequence parsing 序列解析parsing sequence file formats Pubmed for papers extract sequence data from genbank(Aceesing NCBI’s Entrez databases) Swiss-Prot & ExPASy(PRO)ClustalW(mutiple squece alignment)1234567# Parsing sequence file formats# Bio.SeqIO 模块from Bio import SeqIOfor ...

S03-快速填充并行保存：Fn+F12智能填充（快速填充、组合）：ctrl+E S04-快速分析快速分析ctrl+ Q S05-EXCEL数据录入 加餐-数据规范处理输入提示数据-数据验证-输入信息（标题，输入信息） 下拉列表数据-数据验证-设置 数据验证跟出错警告 合并多个excel表要合并的放在一个文件夹，且每个文件表头需要相同新建空白表格-数据（获取和转换中的新建查询）-从文件-从文件夹-组合（合并和加载） S06-从网上获取数据网址：https://movie.douban.com/coming?sequence=asc除此，Excel还可以实时刷新数据缺点：EXCEL只能爬取表格类的数据，复杂一点的需要爬虫 S07-数据清洗

基因组学概念基因组（Genome）：一个生物体、细胞器或病毒的整套基因，即全部基因的总称（包括所有的编码区和非编码区）基因组学（Genomics）：以基因组分析为手段，对所有基因进行基因组作图、核苷酸序列分析、基因定位、时序表达模式和基因功能分析的一门科学 最终目标1、获得生物体全部基因组序列2、鉴定所有基因的功能3、明确基因之间的相互作用关系4、阐明基因组的进化规律 基因组学研究内容结构基因组学：通过基因作图、核苷酸序列分析确定基因组成、基因定位的科学。功能基因组学：又称后基因组学，利用结构基因组学提供的信息系统地研究基因功能（诠释）。 基因组作图基因组作图：在长链DNA分子（染色体）不同位置寻找特征性的标记，并将其定位在染色体的特定位置上（相对和绝对），得到遗传图和物理图基因组测序路线基因组作图-建立路标 像是修一条很长很长的路，首先要建立路标，确定路标在整条路上的位置，分段同时去修。 建立路标：位置必需是固定的。 人类基因组计划目的完成人类23条染色体的基因组作图和DNA全长序列分析，进行基因的鉴定和功能分析。确定人类基因组所携带的全部遗传信息，并确定、阐明和记录组成人类基因 ...

聚合酶链式反应技术（PCR）聚合酶链式反应是快速扩增DNA序列最常用的方法。PCR反应的模板DNA若是基因组上的某个片段，就称为genomic PCR，若是mRNA反转录产生的cDNA，就称为RT-PCR。 PCR技术原理在合适的缓冲体系下，将双链DNA分子在临近沸点的温度下加热分离成两条单链DNA分子，DNA聚合酶以单链DNA为模板并利用反应混合物中的四种脱氧核苷三磷酸，在一对引物的引导下合成新生的DNA互补链。 PCR基本要素PCR反应体系：模板、引物、dNTP、Taq DNA聚合酶、Mg2+、反应缓冲液模板（template）：待拷贝的DNA称为模板，dsDNA or ssDNA，最后扩增得到的产物是双链状态的。引物（primer）：DNA复制的先锋，就像结晶过程中的晶核，引导DNA的合成。在PCR扩增中一般使用合成的寡核苷酸作引物。底物（substrates）：dNTPDNA聚合酶：Taq DNA polymerase，DNA复制的动力，在dNTP等底物存在时在引物的引导下沿着模板DNA合成互补的DNA链•理想的PCR反应：• X=$X_0*2^n$•非理想的PCR反应：• X ...

第五章 转录（transcription）中心法则（central dogma）DNA是遗传信息的载体，它通过转录生成信使RNA（mRNA），翻译生成蛋白质的过程来控制生命现象。蛋白质是基因表达的产物，基因表达主要包括转录和翻译，其中转录是基因表达的核心步骤，翻译是基因表达的最终目的。 RNA转录与DNA复制的比较 RNA聚合酶催化反应不需要引物 缺乏严谨的矫正机制，错误率较高 RNA产物不与模板链配对：在转录中DNA的解链是有限的和短暂的，只发生足够长度的链分离以便RNA聚合酶“阅读”DNA模板；而在复制过程中两条DNA母链永久性地分开。因此，多个RNA聚合酶可以同时转录一个基因，在短时间内合成大量转录产物。 转录具有选择性，RNA转录选择性地复制基因组的特定部分，可以产生几个到上千个相同的拷贝 RNA分类 RNA的功能(1)蛋白质合成mRNA、tRNA、rRNA(2)作为遗传物质(3)作为调节分子a. Small non-coding RNA通过序列互补地结合并干扰某些mRNA的翻译。b. snRNAs:参与真核生物中mRNA前体分子的加工(4)作为催化剂（核酶）一些RNA（包括 ...

第三章 翻译关键词：密码子、阅读框（Reading frame）、开放阅读框（ORF）每个ORF以起始密码子开始并以终止密码子结束。一个RNA分子可以以三种可能的阅读框进行翻译，只有一种阅读框编码实际信息。 密码子连续性、简并性、普遍性、特殊性（标准密码子适用于大多数生物，但并非适用于所有生物）、密码子和反密码子的相互作用起始密码子AUG→甲硫氨酸及起始密码子GUG→缬氨酸及起始密码子终止密码子UAA, UAG, UGA 摆动假说密码子与反密码子配对时，前两对严格遵守配对原则；第三对碱基有一定的自由度，可以“摆动”，反密码子中（次黄嘌呤）可识别多个密码子，某些tRNA识别多个密码子。凡是第一、二为碱基不同的密码子都对应于各自独立的tRNA tRNA（氨酰tRNA）稀有碱基-修饰碱基tRNA中所有4种碱基都能被修饰 tRNA种类1.起始tRNA和延伸tRNA 起始tRNA: 能特异性识别mRNA模板上起始密码子的tRNA; 延伸tRNA:其他tRNA统称为延伸tRNA。 真核生物起始tRNA携带甲硫氨酸(Met)， 原核生物起始tRNA携带甲酰甲硫氨酸(fMet)， 原核生物中 ...

选题开题撰写答辩 本科毕业论文基本要求写作的意义：专业知识的用处

近期想重新复习一下分子生物学，以朱玉贤老师的《现代分子生物学》为参考。 第一章 绪论分子生物学主要研究内容从分子水平研究核酸的结构和功能从而阐明生命现象本质的科学，主要指遗传信息的传递（复制）、保持（损伤和修复）、基因的表达（转录和翻译）与调控。 分子生物学的缩影及大纲遗传信息传递的中心法则 top-25-science-questions： https://studylib.net/doc/7337970/top-25-science-questions 第二章 DNA和染色体结构什么是基因？（1）基因是产生一条多肽链或功能RNA所必需的全部核苷酸序列。（2）基因是DNA上的一段编码某种多肽链或RNA的序列，还包括不被转录和不被翻译的具有调节功能的序列。编码多肽链和RNA的基因称为结构基因。 DNA的化学本质DNA化学组成脱氧核糖核苷酸 (deoxyribonucleotide): DNA或RNA都是由许许多多个核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接而成的生物大分子，而每个核苷酸又由磷酸、核糖和碱基三部分组成。 真核生物染色体DNA特点真核细胞基因组的最大特点是它含有大量的重复序列， ...

几经波折，之前那个博客不知道为啥直接erro no layout了，所以又重新本地部署了一下😭，记录一下日志吧。😄 2024.9.22 1、按教程从头部署https://blog.fiveth.cc/p/bb32/#%E6%9C%AC%E5%9C%B0%E7%94%9F%E6%88%90%E5%8D%9A%E5%AE%A2%E5%86%85%E5%AE%B9https://blog.aligu.top/post/2bd582ec.html2、更改主题为butterflyhttps://butterfly.js.org/posts/21cfbf15/3、更改主题配置npm install hexo-wordcount –save 12345post_copyright:copyright_author: xxxxcopyright_author_href: https://xxxxxx.comcopyright_url: https://xxxxxx.comcopyright_info: 此文章版权归xxxxx所有，如有转载，请註明来自原作者 footer_bg: true设置底部 ...