基因组学

CNGB 中国国家基因库生命大数据平台

NCBI

NCBI开发有Genbank（基因序列）等公共数据库，提供Pubmed（生物医学文献检索）、BLAST（序列对比分析工具）、Entrez、OMIM、Taxonomy、Structure等工具，。

GENE检索

序列比对BLAST

BLAST子程序说明（类型）

程序名 查询序列 数据库类型 方法或用途
Blastp 蛋白质 蛋白质 以蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库
Blastn 核酸 核酸 以核酸序列搜索核酸序列数据库
Blastx 核酸 蛋白质 将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索蛋白质序列数据库
tblastn 蛋白质 核酸 以蛋白质序列搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库
tblastx 核酸 核酸 将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索由核酸序列数据库按6条链翻译成的蛋白质序列数据库
blastn结果分析：Expect(E值)、Identities（一致性）、Gaps（缺失或插入）三项是评价blast结果的标准。E值接近零或者为零时，具体上就是完全匹配了；一致性：匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
全局比对适用于功能相似序列(例如同源序列比对)的比对。
局部比对适用于查找子序列, 就是局部相似性很高的序列

多序列比对（clustalX）

蛋白质组学资源及数据库

ExPASy

ExPASy（Expert Protein Analysis System）是一个专门用于蛋白质和蛋白组学分析的生物信息学资源库。瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of ioinformatics, SIB）开发和维护。1993年上线。

String数据库

String是搜寻蛋白质之间相互作用的数据库。该数据库可应用于2031个物种，包含1380万种蛋白质之间的相互作用。
数据来源：实验数据、从PubMed文献中挖掘的结果和综合其它数据库数据、生物信息学的方法预测的结果。

代谢物通路分析

KEGG

代谢物注释和通路查找

HMDB(The Human Metabolome Database)